Grundsätzlich sollen bei Patienten mit Verdacht auf Endokarditis mindestens 3 Blutkultursets innerhalb von 24 h entnommen werden. Das Labor sollte über die Verdachtsdiagnose informiert werden, damit die Blutkulturflaschen gegebenenfalls verlängert bebrütet werden.

Nur ein gezielter Erregernachweis ermöglicht eine spezifische antiinfektive Therapie. Da diese bei einigen Erregern über eine sehr lange Dauer erfolgen muss (z. B. bei Q-Fieber-Endokarditis mindestens 18 Monate, bei Brucellose 3-6 Monate), ist eine Diagnosesicherung vor Therapiebeginn dringend anzuraten. Die Auswahl der Antibiotika richtet sich nach den aktuell gültigen Leitlinien. Es ist jedoch empfehlenswert, vor Therapiebeginn Rücksprache mit einem Infektiologen oder Mikrobiologen zu halten.